Në zbatim të V.K.M. Nr. 547, datë 09.08.2006 “ Për krijimin e Agjensisë Kombëtare të Burimeve Natyrore”, të ndryshuar me V.K.M. Nr. 202, datë 11.04.2007 “Disa shtesa dhe ndryshime në V.K.M. Nr.547, datë 09.08.2006”, objektivat e veprimtarisë së Drejtorisë Hidroenergjitike janë si më poshtë:

• Zbatimi i politikave të Qeverisë në fushën hidroenergjitike,
• Konsultimi, propozimi dhe bashkëpunimi, me strukturat përkatëse të Qeverisë, për hartimin e politikave të saj në fushën e hidroenergjitikës,
• Sigurimi i oponencës qeveritare për projekt-propozimet e pakërkuara për dhënien e hidroçentraleve me koncesion,
• Mbikqyrja e veprimtarisë hidroenergjitike,
• Monitorimi i kontratave konçesionare për hidroçentralet